systems biology 篇论文

系统生物学不再将生命视为孤立零件的堆砌，而是试图理解细胞内无数分子如何像交响乐般协同运作。这一领域通过整合海量数据，揭示基因、蛋白质与环境之间复杂的互动网络，让我们从整体视角去解读生命的奥秘，而非仅仅关注单一环节。

在 Gist.Science 上，我们持续追踪并处理来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到这些前沿探索。每一篇入选的系统生物学论文，都经过我们团队的深度解读，提供通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解析，让专业研究变得触手可及。

下方为您呈现该领域最新的预印本列表，带您走进从数据到生命图景的精彩旅程。

该研究通过构建势流景观模型，揭示了图灵模式动力学的普适性规律，并成功将其应用于多组分系统及 SOX9 在指骨模式形成中的动态分析。

该研究通过三年田间实验和温室验证表明，果园管理措施（特别是覆盖物）能显著重塑柑橘根际微生物群落结构，且这种由管理诱导的微生物变化会直接导致植物生理性能下降，而腐殖酸则主要通过非生物途径影响植物生长。

该研究通过构建肾脏遗传疾病细胞图谱，将六种肾脏相关性状的 GWAS 信号映射到涵盖五种临床状态的单核转录组数据中，揭示了遗传风险在不同疾病条件下的细胞类型特异性重塑机制，并据此鉴定出具有疾病特异性的潜在治疗靶点。

本文介绍了 NovoGlyco，这是一个专为原核生物设计的模块化非靶向糖蛋白质组学平台，它通过整合从头氧化离子发现、序列标签匹配和质量偏移分箱技术，实现了对包括新发现糖基化修饰在内的微生物糖基化特征的无偏探索与表征。

该研究通过深度定量磷酸化蛋白质组学分析，揭示了酵母中存在一个独立于细胞膜和细胞壁完整性信号通路之外的非经典酸性应激磷酸化网络，该网络主要由膜锚定激酶 Yck1 介导，并富集于质膜、GTP 酶信号及内吞作用相关蛋白。

本文建立了一个包含多种细胞与病毒组分及药物作用（特别是 Tat 抑制剂）的确定性数学模型，通过理论分析与数值模拟揭示了优化基于 Tat 抑制剂的疗法以增强 HIV 功能性治愈策略的潜力。

该研究提出药物耐受持久细胞（DTPs）并非单一细胞状态，而是由多种表型亚群构成的异质性群体，其通过离子通道重塑和铁死亡易感性等特征揭示了新的治疗靶点，并主张从针对单一细胞类型转向通过“靶向景观”策略逐步消除异质性以彻底清除 DTPs。

该研究建立了名为 bacSCP 的单细胞蛋白质组学新流程，成功克服了细菌细胞壁难裂解及蛋白含量极低等挑战，实现了对单细菌（如枯草芽孢杆菌和大肠杆菌）中超过 50 种蛋白质的定量分析，并揭示了热应激下细菌群体在分子层面的异质性。

本文提出了 CausalFlux 方法，通过结合贝叶斯基因调控网络的因果手术与约束基础代谢分析，首次有效建模了基因与代谢物之间的双向反馈机制，显著提升了在野生型及基因敲除条件下对反应通量及生长表型的预测精度，并证实了代谢物反馈在系统生物学建模中的关键作用。

本文介绍了 UQ-PhysiCell，这是一个开源 Python 框架，旨在通过模块化、可扩展且支持并行计算的流程，为 PhysiCell 代理模型提供不确定性量化、校准及模型选择等系统分析能力，从而降低严谨统计方法在复杂生物建模中的应用门槛。